В типичном синтезе ДНК, РНК и неприродных нуклеиновых кислот этапы снятия защиты и связывания играют решающую роль.
Этап снятия защиты заключается в удалении группы DMT на твердом носителе или 5'-гидроксильной группы предыдущего нуклеозида с помощью органической кислоты и обнажении гидроксильной группы для следующей стадии связывания.Для проведения стадии снятия защиты чаще всего используют 3%-ную трихлоруксусную кислоту в дихлорметане или толуоле.Концентрация трихлоруксусной кислоты и время снятия защиты (время снятия блочности) определяют чистоту конечных продуктов.Низкая концентрация и недостаточное время деблокирования оставляют непрореагировавшую группу ДМТ, что снижает выход и увеличивает количество нежелательных примесей.Длительное время деблокирования может привести к депурину синтезированных последовательностей, образуя неожиданные примеси.
Этап связывания чувствителен к содержанию воды в растворителях и влажности воздуха.Концентрация воды при синтезе должна быть менее 40 ppm, лучше менее 25 ppm.Чтобы сохранить состояние безводного синтеза, синтез нуклеиновых кислот должен проводиться в среде с низкой влажностью, поэтому мы рекомендуем нашему клиенту использоватьРастворенное оборудование для амидитов, который может растворять порошкообразный или маслянистый фосфорамидит в безводном ацетонитриле, чтобы избежать контакта с воздухом.
Поскольку фосфорамидиты растворяются лучше в безводной ситуации, а молекулярные ловушки адсорбируют следы воды в реагентах и амидите, необходимо подготовитьМолекулярные ловушки.Мы рекомендуем 2 г сита для флаконов с реагентами емкостью 50–250 мл, 5 г для флаконов с реагентами емкостью 250–500 мл, 10 г для флаконов с реагентами емкостью 500–1000 мл и 20 г для флаконов с реагентами емкостью 1000–2000 мл.
Растворение фосфорамидитов должно проводиться в инертной атмосфере, а замена реагентов-активаторов и ацетонитрила должна быть своевременно завершена.Реагенты для кэппинга и окисления следует использовать как можно скорее, открытые реагенты имеют меньший срок хранения и меньшую активность при синтезе.
Время публикации: 09 августа 2022 г.